小规模纳税人在处理3月份业务时，由于当时没有开具发票，已按未开票收入申报缴纳了增值税；而在二季度时，对方又要开发票，又按1%的税率开了发票。 在这种情况下，小规模纳税人可以选择以下处理方式之一： 1）在开具发票后，再确认增值税，将增值税进行重新计算，将增值税进行重新申报，缴纳差额的税款； 2）如果已经缴纳了增值税，则可以采取自行调整方式，在下一次申报增值税时，抵扣相应的增值税，并重新确认本企业应缴税款。 小规模纳税人处理这类问题时，应该根据具体情况选择合适的处理方式，以避免不必要的税收风险。 拓展知识： 小规模纳税人在办理税务事务时，应当按照税法规定办理，遵循税收合规原则，以避免税收风险。例如，应当按照税法规定的时间和税率计算增值税，确保增值税申报准确、及时；应当按照规定存档、保管发票，以便进行备查、核对；应当如实申报、缴纳税款，以免被税务机关发现不当扣除、免税等情况。