公司注销专项应付款的处理首先要对相关账户进行关闭，并将账户中剩余资金转回公司正常账户。然后，要把专项应付款核销掉，并把核销凭证记录完整，确保其准确性。最后，要在公司财务报表中及时调整注销专项应付款的报表记载，以确保财务报表的准确性。 拓展知识：另外，在处理专项应付款方面，应该根据会计法规和法律法规来进行，做到合规经营，保护企业的合法权益。