房地产开发企业代建房屋的营业税处理要按照营业税法的规定办理。 首先，根据《营业税法》第十五条的规定，房地产开发企业代建房屋的发票应按照营业税税率征收营业税。 其次，房地产开发企业代建房屋的发票应当开具增值税专用发票，其中应当标明“营业税”字样。 再者，房地产开发企业代建房屋的营业税应当缴纳到所在地税务机关指定的税务缴款账户上。 最后，房地产开发企业代建房屋的营业税报表应当按照营业税法的规定按期报送税务机关。 总而言之，房地产开发企业代建房屋的营业税处理要严格按照《营业税法》的规定办理，以保证合规缴纳营业税，防止违规违法行为。