新的事业单位财务规则变化主要体现在三个方面：一是财政投入原则上更加精细化，总量保持不变，但将投入更多的资金用于创新性技术和经济活动。二是收入分配标准发生改变，实行以市场机制为基础的收入分配，以实现实体经济的科学发展。第三，税收一体化配套政策也发生变化，增强了财政支出的动力。比如，在税收优惠政策上，新的事业单位财务规则指出，若企业做出科技创新、带动就业甚至减少污染环境等贡献，则可以对其征收税费更优惠的条件。