企业所得税退税处理方式主要有以下几种： 1、按时缴纳税款的，根据《企业所得税法》规定，可以在一定期限内由税务机关出具的税款退还凭证，申请退还税款。 2、缴款义务人未按规定时间缴纳税款的，如果后续履行缴纳义务，并在法定期限内补缴全部欠税，可以申请税务机关出具税款退还凭证，以便于退还多缴税款。 3、按照有关规定，税务机关出具的税款退还凭证，有效期为3年，过期后视为撤销。 4、税务机关对企业的报税不规范行为，或者违反税收法规的情况，有权取消企业的税款退还申请，并根据有关规定处理。