是的，员工自己的车辆保养费可以做进税账抵扣利润。根据《中华人民共和国企业所得税法》规定，企业可以在计算企业所得税应纳税所得额时，扣除经审计机构核定的有关经营费用，其中包括员工的车辆保养费用。这些费用将在计算应纳税所得额时扣除。当企业准备报税申报表时，可以将这些费用作为税收抵扣项目之一抵扣利润，从而减少企业所需缴纳的企业所得税。