专用发票金额与付款金额不一致的原因主要有两种：一是开票错误，二是实付错误。开票错误可能是开票人在开票时，开出错误金额，或发生了折扣现金情况等。实付错误则是支付方忘记或者没有按照正确金额实付，导致实付金额与发票金额不一致。 账务处理一般都应做好以下几步：一是进行记录，记录当时发生的实际情况；二是进行冲销，将原发票与新发票冲销，确认付款金额；三是纠正台账，将开具的新发票的金额及其他情况正确地记录到台账中；四是进行保存，记录新发票、原发票以及相关凭证等。 案例：某公司收到一份专用发票，发票金额为1000元，但实际支付金额只有900元，为了解决此类情况，该公司可以首先通知供应商重新开具新的发票，发票金额为900元，然后将原发票与新发票做冲销处理，并根据实际付款金额（900元），在台账上登记修改专用发票的金额信息，以及对相关的发票凭证等进行归档保存。