首先，根据《中华人民共和国劳动合同法》第六十二条规定“用人单位解除劳动合同或者提出解除劳动合同的，应当支付劳动者经济补偿金，具体标准由劳动者与用人单位另行协商确定”。因此，在辞退员工时，用人单位需要根据实际情况与员工约定补偿金金额。如果员工同意，用人单位可以用社保公积金作为经济补偿金，直接扣除他5月份的工资中。由于社保公积金账户是个人账户，只有员工本人才能缴纳，因此用人单位扣缴的社保公积金需由员工本人补足。 另外，针对5月份直接扣除员工公积金和社保，却没有将其单独计提的问题，我的建议是：6月份可以将多交的公积金和社保归还给员工，并将计提的工资及相关社保公积金一起支付给员工。这样就可以有效解决用人单位多扣员工公积金社保的问题。 拓展知识:关于辞退员工时需要支付劳动者经济补偿金的问题，《劳动法》规定有两种计算方式：一种是根据原劳动合同未履行期间的月休假工资总额除以未履行期间月数后再乘以比例，得出经济补偿金金额；另一种是使用原劳动合同未履行期间的月劳动报酬总额除以未履行期间月数后再乘以比例，得出经济补偿金金额。