在做小规模纳税人代开专票的分录时，应将城建税和教育费作为发票实时扣款的支出来进行分录。首先，借“应交税金-城建税”科目，记账金额与发票上城建税数值相等；同时，贷“银行存款”科目，记账金额与发票上城建税数值相等；再次，借“应交税金-教育费附加”科目，记账金额与发票上教育费附加数值相等；最后，贷“银行存款”科目，记账金额与发票上教育费附加数值相等即可。