企业所得税汇算清缴退税收到的款项应当计入本期收入，即将相应的资金登记到“收入”科目中，同时将“应交税费”科目归零，以体现账面上的真实状态。同时，还必须将应纳税额与实际缴纳的税额作比较，如果实际缴纳的税额高于应纳税额，那么在汇算清缴后，企业可以对应减少应交税费，补充使用“资本公积”、“盈余公积”、“本年利润”、“营业外收入”等科目；反之，如果实际缴纳的税额低于应纳税额，那么在汇算清缴后，企业应当补充使用“稽查费用”、“营业外支出”等科目，保证账面上的实付税额与实际缴纳的税额相符合。