小规模纳税人在第二季度开具了1%专票和3%专票，该如何申报？ 1、首先，根据《国家税务总局关于小规模纳税人适用专用发票有关问题的公告》（国家税务总局公告2011年第41号），小规模纳税人可以根据开票时的税率情况使用一种或多种税率的专票。 2、在网上申报登记专用发票时，小规模纳税人首先应当系统中设定好税收分类编码，根据开票时的税率情况把各种税率的发票分别登记在相应的分类项下，比如1%的发票应当在税收分类编码下勾选“3%税率”，3%的发票应当在税收分类编码下勾选“6%税率”。 3、在登记发票时，应当注意按照开票时的税率情况登记，不能根据发票的应税项目的税率情况登记，也不能把开出的各种税率的发票登记在同一分类项下，而是要依据开票时的税率情况登记。 4、此外，小规模纳税人还应当保留好发票的记录，以便查询和核查。