分支机构预缴税款的计算方法：1、根据每个分支机构的利润或者营业收入，根据税务法规以及当地税率，计算出每个分支机构应纳税款额。2、将每个分支机构应纳税款额累计到总部，并减去总部所在地应缴税款额，得出分支机构预缴税款额。3、根据各个分支机构所在地实际情况，分别到本地税务机关进行申报缴纳税款。4、总部应收分支机构缴纳的税款，则可以划拨到总部的财务账户，以此来减少总部的税负。