冲红发票的税款处理方法： 1、根据《财税字〔2003〕136号》规定，冲红发票经查证后确定税款减免，税务机关应当做出确认，记录在统计账册上，并凭统计账册作为稽查凭证。 2、税务机关凭统计账册，出具税款减免凭证给企业，如果企业已经缴纳过税款，则需要向税务机关提出退税申请，由税务机关处理退税事宜。 3、附加税等应按照相关规定向税务机关做出确认，并在报税中减免，以减轻纳税负担。 拓展知识：当开具冲红发票后，企业应当及时，正确地办理冲红发票税款减免业务，按照规定出具证明，确保税款减免的记账准确，防止漏税和重复缴纳税款。