是的，农民专业合作经济组织仍需要汇算清缴。根据当前国家相关法律法规，农民专业合作经济组织应当视不同性质的纳税义务实施不同的汇算清缴程序： 1、营业税：农民专业合作经济组织应在计算营业收入和纳税的全月最后一个工作日进行汇算清缴； 2、消费税：农民专业合作经济组织应在计算消费税日期当月15日前汇总清缴； 3、增值税：若农民专业合作经济组织有应纳增值税，则要按月报送增值税纳税申报表并汇总清缴，抵扣和申请退税时也必须按规定报送增值税纳税申报表。 总之，农民专业合作经济组织要根据不同的纳税义务，按照有关规定报送资料，完成汇算清缴工作。 拓展知识：农民专业合作经济组织必须报税的各项业务包括但不限于营业税、增值税、消费税、地方教育费附加、独立分摊税收和各项税收减免等。