退代扣代缴的个人所得税的手续费应根据相关税法规定计算得出，金额及支付方式等可以根据具体情况实施确定，一般由申报员按照相关税法规定办理手续费的缴纳，并记录在个人所得税应纳税企业查询申报系统中。拓展知识：应税人应按照有关规定按月申报并缴纳逾期滞纳所得税，有关机构可以向其代扣代缴，如果个人所得税未及时支付，有关机构有权根据纳税义务人的收支实情提出补缴申请，补缴时须按照有关规定向其交纳补缴手续费。