工程公司、电子税务局和个人税务系统跨区域预交税款的操作流程主要包括： 一、工程公司首先登记地税局，提出预交税申请； 二、电子税务局审核预交税申请，并根据申请内容填制预交税单； 三、电子税务局将预交税单传输到个人税务系统，让个人准备预交税款； 四、个人及时缴纳预交税款，完成预交税款的缴纳； 五、电子税务局将缴纳结果传输回工程公司，由其记录费用信息及税务情况； 六、工程公司可根据预交税款记录，查询有关税收状况。 拓展：预交税款有助于加快企业出口贸易退税的流程，使企业可以更快捷、有效率地完成相关退税手续，提高出口贸易效率。