针对您提出的问题，建议在做账治理时，首先可以将材料款和运费费用收入合并到一起，录入时可以将此笔费用进行分摊，并将代甲方付款的这一部分记录为应付款账款。下一步，在收到代甲方付款后，需要将应付款账款中的部分金额进行核销，将应付款账款余额减去核销金额，以实施付款管理。当然，对于甲方的付款也需要对付款凭证进行登记，以备查验之用。