一般来说，个人所得税汇算清缴申请退税被驳回主要有以下几种原因： 1、申请人提出的税款减免超过法定范围； 2、缺乏纳税申报凭证； 3、纳税人申报未达到法定税款减免标准； 4、纳税人未按规定填写税款减免政策证明文件； 5、纳税人未按规定提供税款减免资料； 6、税款减免金额计算有误； 拓展知识：申请退还税款时，除了提供申请退还税款的纳税申报凭证外，还需提供纳税人及相应的税务机关的税款减免政策证明文件，证明退回的税款符合法定减免标准。