自然人以土地入资新公司和直接把土地权转让给公司两种方式，存在着关税上的区别。若是自然人以土地入资新公司，则可享受土地减免税优惠政策，即减免按照土地使用期限的剩余年数收取的土地增值税；若是直接把土地权转让给公司，则无法享受土地减免税优惠政策，土地增值税应当按其全额收取。此外，若自然人由于以土地入资而取得公司股份，股份价值税收可采取进行减免。 拓展：减免税政策是政府收取税收的一种手段，可以减缓企业的负担，使企业能够更好地发挥自身经济活力，推动经济健康发展。