是的，员工的业务培训费用，可以让培训机构开增值税专用发票抵扣进项税。这种情况下，做账的会计科目需要多部分记账，一是：应付账款(增加)——培训机构，二是：进项税额（减少）—— 培训机构，三是：主营业务收入（增加）—— 培训机构。拓展知识：增值税专用发票是什么？它是指增值税法对应税收征收实行发票制度时，专为核定货物和劳务交易额而发出的发票。