根据41400元小规模开专票，万元版，税率3%的信息，可以计算出应开发票的金额。首先，应缴税总额为41400*3%=1242元。其次，根据万元版的特点，一百元可视为一个单位，可将1242元等分为12个单位，即每张发票应累计为100元，所以总共开13张发票。最后，需要将应开的13张发票录入财务系统，包括开票单位、开票时间、发票金额等信息，以完成合规税收申报。 拓展知识：对于小规模纳税人，要根据所处行业以及税前收入，确定出应用于纳税收支的税率。根据不同行业，小规模纳税人可以享受2%、3%、5%、9%、11%税率的税收优惠政策。