总分机构汇总缴纳所得税的处理流程主要包括以下几个步骤： 　　1、缴纳税款。法定汇总缴纳纳税人必须在税款应纳日起计算至当期税款缴纳日（当期纳税日）期间内，按照税务机关的代扣代缴要求，完成税费的缴纳。 　　2、申报所得税支付情况。纳税人在税务机关确定的截止日之前，向税务机关申报本企业所有职工在本年度的收入及支付的所得税情况，并将相关的职工收入备案报税情况。 　　3、报送申报表格。按照税务机关的要求及时准备完备的申报表格，并将其进行报送。 　　4、办理扣缴义务。纳税人应按照有关规定，按期将职工在本年度收入的扣缴义务办理完毕，并将职工所得扣缴本年度应缴纳的税款随时汇缴至指定帐户。 拓展知识：总分机构汇总缴纳所得税申报需要注意的是：1、严格按照税务机关要求，正确填写申报表格，以确保税款准确无误；2、及时代扣代缴税款，并把相关信息报送税务机关；3、及时备案报税，以便于核算税收。