总分机构财务报表的申报一般有两种方式：一是根据取得的收入、支出、利润等按照规定总结出各项报表自行申报；二是向税务机关申报，税务机关根据其记账凭证等相关资料办理相关手续，并同意分机构申报财务报表。 拓展：对于总分机构财务报表申报，税务机关还会对财务报表内容进行审核，以确保财务报表内容的真实性和准确性。根据税收征收法规定，总分机构财务报表申报违反规定的，税务机关有权给予罚款或者撤销营业执照的处罚。