建筑公司应当根据三方协议来处理账务。涉及的税费主要有增值税，增值税是指对先行劳动、资本和物质投入所产生的价值增加，以及其他经济活动成果而征收的税种，可以分为进项税和销项税。建筑公司需要针对三方协议向税务机关报税，避免被税务机关误罚。 此外，建筑公司还需要注意财产交易所後所涉及的税收。房产抵账所产生的所有权变更，将导致土地、房地产税、房屋消费税等税收的交纳。这些税收均由建筑公司承担，建筑公司应当及时向税务机关报税，以免被误罚。 拓展知识：建筑公司还需要在三方协议中确定财产抵账的税费比例，为了避免由于抵账税费比例计算不当而影响账务处理，建筑公司需要向会计师征求意见，以免纳入错误的税费。