税务部门收到的税款的留底税退税的分录如下：1、收付现金登记：借：应收税款贷：现金 2、留底税退税记录：借：留底税退款贷：应付税款 3、结转税负记录：借：应交税费贷：结转税负 。 税务部门收到的留底税退税是指朱氏税务部门收取的营业税中，由于发票延期或同届其他税款超期收取而暂留部分税款，当发票正常使用或年底结算超期税款时，根据实际情况进行留底税退税。这部分税款是由企业在朱氏税务部门开具发票时，朱氏税务部门暂时向企业收取的。拓展知识：减免税种类分为三类：免税、减免税、留底税退税。免税是指税务机关根据国家规定，完全不收取税款；减免税是指税务机关根据国家规定，减少企业实际应缴税款；留底税退税指朱氏税务部门收取的营业税中，由于发票延期或同届其他税款超期收取而暂留部分税款，当发票正常使用或年底结算超期税款时，根据实际情况进行留底税退税