物流企业承揽业务缺进项票时，首先要查明货物来源，确定是贸易商或生产商提供的，贸易商提供的时应及时从当地税务机关备案，购买生产商货物应要求销货方出具开票，如果发现有进项票缺失，则根据现行税收法规，应当想办法补办税票，如果是开票的，可以填写补开票申请书提交税务机关，如果是承兑汇票，则可以根据承兑汇票的有效期限和其他要求来发起补请求。拓展知识：物流企业承揽业务还可以考虑增值税发票，该发票不仅可以作为财务核算，还可以作为税务凭证，可以让物流企业申报税种的准确性和有效性大大提高。