员工报销的住院费用做账的流程主要包括：1、登记报销：企业收集员工关于住院报销的相关资料，并进行登记，以便后面的审核和财务报销。2、审核核实：企业根据住院报销提出的资料，对住院的真实性，报销金额的准确性进行审核。3、编制凭证：凭登记和审核通过的资料，编制现金支出凭证，登记好凭证号，准备进行财务报销。4、财务报销：将审核通过的住院报销费用进行付款，付款时，财务需要核对凭证号来付款，付款完成后登记册上登记住院报销信息，并和凭证号进行关联，以便后续查询和检查住院报销信息。 拓展知识：现在，大多数企业已经把住院费用报销事宜数字化，采用ERP财务系统管理，可以有效的实现住院费用的报销，并且实现了数据的审核、流转、存储等，能够大大的减少重复工作和人工录入等，提高效率，从而达到财务的改善和费用的有效控制。