可以，分公司付款开票给总公司需要遵循一定的程序，首先，开票的相关信息，比如单据号、金额等都要正确填写，其次，分公司需要在开具发票后，将发票转交给总公司，总公司需要登记并保管，并在总公司税务机关所提供的发票登记表中填写以上信息，并交税机关审核后，发票才是正规有效发票。此外，这一政策也有利于在总公司和分公司间结算账户，从而实现公司账款的清算和对账。 拓展知识：发票作为增值税的核定凭证，是企业纳税事项的重要依据，企业的发票必须遵守国家税收规定，以符合会计准则和税收要求。而且，企业要周到管理其收到或开具发票，要定期向税务机关报送发票登记表，做到发票实时登记，保存发票原件，使其可以作为财务记账的依据，确保财务账簿的正确性。