残疾人工资加计扣除是按实发工资进行计算。实发工资即指经过个人所得税、住房公积金、社会保险等扣减后的最终工资，而不是按计提的应发工资。残疾人工资加计扣除对实发工资起作用，是指从残疾人实发工资中再扣除一笔定额的费用，比如住房公积金、社会保险等，再将其工资网到残疾人本人的帐户或者家属的帐户中。 拓展知识：残疾人的劳动报酬待遇，有规定要求，应实行等额报酬原则，即残疾人和非残疾人在同样工种，同等技能，同等岗位，同等工作量、同等工作时间，工资要等额。若残疾人比非残疾人收入多，应由扣除适当的费用而不得减少或拒付残疾人的工资。