残疾人加计扣除的基数是应发工资数，即个人参保前应发工资数，不包括其他绩效、奖金等个人所得收入。加计扣除是指在残疾人参保企业负担部分（养老、医疗部分）的基础上，为残疾人提供的税收优惠政策，残疾人每月累计可加计扣除的税费费用累计不超过每月应发工资数的2倍，即个人参保前应发工资数的2倍。 一般情况下，残疾人参保是按照现行基本工资标准乘以工作年限或参加工作年限来计算的，而残疾人加计扣除是在此基础上再调整而来的，主要是为了给残疾人更多的财力支持。 残疾人加计扣除对于残疾人参保企业带来很大的经济压力，因此残疾人加计扣除的基数一般被设置在个人参保前应发工资数，即月度应发工资总数，从而使残疾人参保企业的经济负担更加合理可行。 拓展知识：根据新修订的《残疾人就业保障条例》，残疾人加计扣除的个人所得税，按照月度应发工资的2倍来计算，但是不超过2500元，如果超过2500元，劳动者可以拿到2500元。另外，如果残疾人为家庭主要经济来源，可以在2500元基数上加减500元。