增值税留抵退税的流程首先是，被留抵税属应纳税人向主管税务机关提出留抵退税申请，申请应包括纳税人基本情况、留抵情况以及留抵退税请求等。其次，税务机关根据退税申请结合纳税人应税行为进行审核，查验账务账簿、发票、关联企业凭证及其他有关资料，并对纳税人的收入、费用、对外支付等税收属性进行审核，然后判断是否满足留抵退税规定的条件。最后，税务机关根据审核情况出具留抵退税审批文件，并予以批准退税。 除了申请退税，纳税人还需要注意的是：纳税人应在按期报税的基础上履行自行留抵税款的责任，在无正当理由的情况下不得随意拖欠税款。税收部门也不得擅自变更纳税人留抵税款状态，不得采取不合理的手段违规撤销留抵税款情形，以及审核通过后，及时释放留抵税款给纳税人。