申请留抵退税的电子税务局的操作流程： 1、首先，企业必须认证申请通行证，然后登录申请留抵退税官网。 2、在登录网站后，根据自己的情况，选择对应的申请步骤，并填写各项申请材料。 3、核对申请信息后，企业需要提交税务机关，并打印税务相关的单证，例如，申请受理确认书、税务承诺书和工商登记证。 4、向税务机关提交审核后，以电子形式发放通知函，给予申请留抵退税的最终认可。 5、打印通知函，确认退税申请材料的真实性，携带资料办理相关的税务手续。 拓展：虽然大多数企业都可以通过电子税务局申请留抵退税，但有些地区可能仍然需要前往税务所办理，具体需根据各地税务机关的规定而定。