如果您的单位收到的是纸质版的增值税专用发票，但是抵扣进项票的时候系统里没有这张发票，有可能是对方没有将发票上传到系统中，也有可能是对方上传之后没有按照规定的要求进行备案。因此，如果需要抵扣进项票，最好是要求对方将发票上传至系统中，并且按照规定的要求进行备案，以保证发票的抵扣有效性。 现在已经有很多数字增值税专用发票系统，使得发票的使用变得更加安全、便捷、快捷，可以大大提高企业的工作效率，同时也能有效降低企业的管理成本和税负，带来更加可持续的经济收益。