按照《财政部 国税总局关于修改部分关于小规模纳税人征收管理的规定的通知》的规定，小规模纳税人经营收入达到200万元的，应当缴纳水利基金，本案中小规模纳税人开具合计39万元的发票，征收管理税务机关应当按照小规模纳税人标准办理，不用缴纳水利基金。以上是小规模纳税人开具发票，是否需要缴纳水利基金的说明，小规模纳税人需要注意做好税收政策的遵守，以免发生不必要的经济损失。 拓展知识：水利基金是指地方政府用来投资水利建设的资金，它的收入包括水利税、水利专款和水利费等，而支出则是用来投资水利工程建设的资金，是政府归集的一种收入。水利基金的收入有助于加快改善人民的生活条件，保障水资源的可持续发展，起到保护生态环境、改善水环境和发展经济等重要作用。