是的，水利基金应该填60万。根据《关于城市建设维护基金的规定》的规定，需缴纳由单位和个人收入所得税额，支出税额，关税，和进口税，而不包括免税的额度。根据这一规定，普通发票的金额，即不含税的金额，需要作为税费支出额纳入水利基金，所以小规模纳税人开具的普通发票和专用发票金额总和，即60万，应该作为水利基金缴纳。 拓展知识：水利基金是缴纳建设维护基金，其中又包括水利税和地方教育收费基金。水利税是指非税收入中的水利税，可以分为企业水利税和个人水利税，用于补偿土地损失、延续河道维护、拓宽水资源保护等水利工程；地方教育收费基金是政府的财政支出，用来补贴地方教育收费，改善教育资源配置，增加教育投入，促进教育公平发展。