这种做法不合法。在中国，根据《合同法》第三条规定，当事人要履行约定义务，必须遵守一定的法律程序，一笔借款也是如此。如果原在职员工担保的3000元有关的借款未经双方协议，不能有效完结，那么，担保人是无权扣除这笔借款的。此外，《中华人民共和国劳动法》第八十五条规定，劳动报酬是原则上不允许划拨和抵扣的，因此，不能从担保员工的工资中扣除该笔借款。 拓展知识：担保法律是关于担保（含保证、抵押）行为及其后果的重要法律制度，是民法债权保护、公平交易和商业活动有序实施的重要保障制度。担保法主要规定了担保的构成要件，担保的有效性，担保的撤销，担保的解除和终止，担保人的权利和义务，担保的取得和担保财产的冻结以及担保物的给付、变卖和处分等。