建筑企业扣除分包差额预缴一般是只针对增值税及附加预缴，企业所得税不需要预缴。增值税及附加差额预缴是指，当企业根据《企业所得税税前扣除暂行条例》第五条规定的情形，取得了可抵扣或部分抵扣的进项税额，但实际抵扣的税额大于应纳税额时，则将多出来的税款先行预缴，以减轻企业的现金流压力。拓展知识：企业还可以办理税源项目开具发票，并在当期可抵扣或部分抵扣进项税额，在税局认定后，可以抵扣增值税及附加，以减轻企业税负。