房地产开发企业预交土地增值税的计税依据是《中华人民共和国土地税法》及其实施条例，以及《中华人民共和国土地税暂行条例》（修订本）第十一条的规定，即：“企业购买土地，准予预缴土地增值税，增值税的计算依据是：（一）企业购买土地时缴纳的价款；（二）购买土地企业缴纳的房地产开发企业抵扣土地增值税形成的增值资金；（三）购买土地企业缴纳的其他土地开发费用。”在政府通知中，按照本法第十一条规定，企业进行土地购买时需要预缴土地增值税，增值税的计算依据是企业购买土地时缴纳的价款、企业抵扣土地增值税形成的增值资金以及企业缴纳的其他土地开发费用。 拓展知识：根据《土地税法》第十一条，土地交易双方都需要缴纳土地增值税，由土地购买人负担土地购买方的土地增值税，由土地出让方负担土地出让方的土地增值税。具体税额由双方协商决定，但不得低于法定税额。此外，土地出让方在交易完成后，还需要缴纳土地使用税，土地使用税的计算方法是按照土地出让价格的3%来计算，购买方不需要缴纳税费。