如果要从应付款中扣除赔款，理想的处理方式应当是先开出收据，然后进行相关的请款操作。但是，根据公司的有关规定，必须同时做好可溯源性的收款凭据和赔款凭据，来证明赔款的支付过程。事实上，只有当有了合法的收款凭据和赔款凭据，财务人员才能确认赔款已经付款，以及赔款与收款有关，才能确保赔款被真正支付。 该笔赔款虽然按销售折扣处理，但是要按照有关规定进行正确的凭证处理，以证明收款及其赔款的真实性，反之，会对公司造成财务风险。因此，为了防止有效的凭据的缺失，应该先做好凭据处理，以便公司财务处理赔款和收款的内部控制，确保赔款付款的真实性。