有限责任公司（自然人独资）应该缴纳企业所得税。企业所得税是指企业、个体工商户、其他经济组织在营利活动中产生的税收，是有组织的企业或经济组织从营利活动中所获取的利润、产品、销售、分配或其他经济活动产生的收入，根据企业组织收入的不同，税率也有所不同。 有限责任公司（自然人独资）要缴纳企业所得税，所得税的税率应当按照国家的规定来办理，一般来说，有限责任公司（自然人独资）应当按照25%的税率来缴纳企业所得税。具体的税率也可以根据企业的实际情况和当地税务部门的要求来办理，而且具体的税率也可能会因国家不断调整而有所变化。 企业所得税不仅要按照税率来缴纳，而且还要做好报税、申报以及合理避税的工作，如果因为不注意避税而有所违法，就有可能会被严厉处罚，因此，有限责任公司（自然人独资）需要做好合理的避税工作，避免非法所得税的产生。 拓展知识：企业所得税的税率一般分为四档，分别是15%、20%、25%和30%，其中，15%的税率是小规模纳税人的税率，20%和25%的税率是一般纳税人的税率，而30%的税率是高收入企业的税率。企业所得税虽然税率比较高，但是在企业发展的过程中，仍然有很多优惠政策可以享受，例如投资改造过程中可以优先扣除一定比例的税额，经国家批准的新产品研发项目也可以享受税收优惠等等。