根据甲方确认的进度单来确定成本的话，你的收入应该是基于进度单上的不含税金额确认的。你应该按照甲方确认的进度单进行发票开具，并把发票金额支付给你，而不是进度单上的金额。这样，你就可以根据甲方确认的进度单来计算成本，并从发票金额中抵扣掉税费，得到不含税金额，再结合甲方确认的进度单来确定你的收入金额。另外，为了使你更全面地理解如何计算和确认成本，你也可以从会计知识的角度，学习下有关成本核算和成本控制的相关知识，以帮助你更加准确、更有效地掌握计算成本的方式。