按照甲方的进度单子开票收款，收入需要按照不含税金额确认收入。比如，假设甲方向乙方支付了1000元，该单据应以不含税金额1000元的形式确认收入。乙方根据双方的约定，应该给予对方税费的抵扣，把实际上收到的税金连同其它一些额外的费用一起支出，然后再进行收款确认，这样才能确保收款的准确性。 此外，如果甲方有把收入体现在收据上，乙方可以考虑直接确认收款，而不用把税额扣除，这样可以使收款过程变得更加便捷。另外，为了减少税金的负担，乙方也可以到地方税务局确认，然后请税务部门减免税收。这样就可以减少企业在收入确认过程中所面临的税收负担，从而节省企业的经济成本。