农民工汇算清缴个税要根据当地税务机关规定按照规定程序办理。首先，要查明当地税务机关对办理汇算清缴个税事宜的规定，并根据规定提供相应材料，例如农民工当年的工资证明、身份证复印件等。 在准备完相应的材料后，可以以纳税人的身份申请汇算清缴个税，并上传相关材料来申报个人所得税，以及本年度的个人计税汇总表等信息。一般来说，汇算清缴的申请可以在当地税务机关的网上办税平台上完成，也可以携带申请材料到当地税务鉴定机构办理。 在办理汇算清缴个税时，如果农民工离职了并联系不到，应该及时申报，及时缴纳。如果根据农民工的劳动收入，应缴纳的税费大于实际收入，可以申请减免税，或者申请发放税收回扣款。 拓展知识：另外，根据《个人所得税法》规定，如果农民工离职滞留地区时间超过6个月的，可申请分期支付个税，财政部门也可以延期收缴个人所得税，帮助离职的农民工偿还个税。