在申报系统上操作政策留底退税，首先要对政策进行详细的理解，确定这些政策是否符合申报条件，根据政策要求和申报系统的规定，将财务会计数据填入相应模块。 其次要求在申报系统上登记，按照税务系统规定填写相应数据，一般可以分为2部分：常规数据和政策数据。在常规数据中，填写国家税务登记号码、纳税人名称、政策类型等信息。在政策数据中，填写政策类型、税费抵扣项目明细、抵扣金额等信息。 最后，在系统支持的情况下，应办理政策留底退税，完成申报登记并核准退税申请。 拓展知识：企业在申报政策留底退税时，应了解税务部门对政策的管理要求，并确保正确使用政策留底退税，以确保税收减免政策的有效实施。