甲公司发行普通股应计入资本公积的金额为5880万元，其计算公式为：发行普通股金额=发行股数×每股发行价值，即2000万股×4元=8000万元；手续费=发行普通股金额×2%=8000×2%=160万元；发行普通股应计入资本公积的金额=发行普通股金额-手续费=8000-160=5840万元。 从上述可知，根据上述叙述，若乙证券公司从发行收入中提取2%的手续费，那么甲公司发行普通股应计入资本公积的金额为5880万元。 拓展知识：资本公积是企业在实现营业收入后，由董事会或股东大会决议，将盈余收入中的一部分定额注入的公积金，是企业的投资衍生资金，即资本加上股本等，用于资本改善、股本更新及投资性开支等。