农产品收购发票的抵扣情况取决于具体的收入来源。根据《企业所得税法》第三十一条的规定，企业收入来源若可以提供有效凭证，则可以享受费用抵扣企业所得税。农产品收购发票处于一般票据范畴，包含有完整的信息，以及发票的发起者、发票方可以提供的收入来源凭证，因此可以用于企业所得税的抵扣。但是，如果农产品收购发票发起者未能提供具备有效性的收入来源凭证，那么就不能实行抵扣企业所得税了。此外，还应该注意，发起农产品收购发票，必须依照《发票管理办法》的规定进行办理，包括发票方和收入方按照规定提供资料，保证发票的有效性，并及时缴纳税款。