当您的公司被税务部门发现预警时，您可以在税务系统上补齐相关工资差额，但是您还需要向税务局提交风险原因。此时，您应该根据实际情况，列出由于何种原因，使得税务报告出现预警的详细情况，并在税务系统上提交缴纳税款的相关凭证。 除此之外，您还可以借助专业的财务税务服务机构，帮助您进行风险原因的收集、编写、整理，以及提交相关财务报表。通过这种方式，您可以节省较多的时间，也可以及时高效的完成相关税务报表提交。同时，您可以拓展对税收知识的认知，在缴纳税款方面更加谨慎，有利于公司财务稳定运营。