员工离职个税系统上操作程序如下： 1、用户注册：首先需要登录国家个税系统，进行注册。需要提供社会信用代码和一般纳税人资格认定证书。 2、出纳登记：用户注册完成后，如果需要登记出纳，需要填写出纳的姓名，身份证号码，手机号码等信息。 3、缴纳个人所得税：缴纳个人所得税时，需要填写缴纳日期、缴税人姓名、缴费金额、缴款账号等信息，完成缴费后，可以获得缴款凭证。 4、申报个人所得税：可以在个税系统上进行网上申报，填写个人所得税申报信息，核实完毕发票，确认后提交后，可以通过申报完成税收优惠。 拓展：个人税收系统的操作体系不仅仅局限于离职的情况，每当有个人税收信息需要变更或者上报的情况下，都可以登录国家个税系统进行操作。比如申报个人所得税，调整和变更缴费信息，核实发票等等。