如果往年申报填写的农产品核定扣除时的单耗数量比税局规定的填少了，可以通过调整或纠正的方式来解决。首先，可以尝试与税局沟通，申请补报相应的税款，对报税数据进行调整，而后税局会确认调整结果，最后完成纠正。其次，可以在报税申请表中填写特殊情况说明，详细阐述申报农产品核定扣除单耗数量比税局规定填少的原因，并补充提供相关证据，以便税局对申报数据进行审核。 此外，为了防止此类问题的再次发生，建议企业应加强内部报税程序的管控和监控，确保报税数据的准确性，有效避免由于数据填写错误而导致的税务纠纷。