首先，应当明确的是，免征增值税超过45万元的企业应当按照《企业所得税法》及其相关实施条例和规定，按企业所得税征收税款。首先，企业申报纳税时，应该在税务机关要求的税务申报表中，选择免税超过45万元的项目，并填写单位名称、税号、营业税登记号等信息，并填写45万元以上的免税金额。其次，还需要填写企业的企业所得税应纳税所得额、企业应纳税所得额、应纳税额、企业所得税税额及实缴税款等内容，计算出企业应缴纳企业所得税和实际缴纳的企业所得税。最后，如果企业因税收减免优惠等原因，可申请减免或免税，则可在申报表上填写减免或免税的申请信息，并准备相应的证明材料，供税务机关予以审核。扩展知识：免增值税，是国家在一定条件下对企业或者个人减免增值税，从而获得企业减税或者个人减税的税收优惠政策。